为支持国家确定的主要污染物减排工作，中央财政设立主要污染物减排专项资金，并颁布了《中央财政主要污染物减排专项资金管理暂行办法》。
具体而言，减排资金将主要用于支持国家、省、市国控重点污染源自动监控中心能力建设；补助污染源监督性监测能力建设和环境监察执法能力建设；补助国控重点污染源监督性监测运行费用；补助提高环境统计基础能力和信息传输能力项目；围绕主要污染物减排开展的排污权交易平台建设及交易试点工作等；主要污染物减排工作取得突出成绩的企业和地区的奖励等。
财政部、环保总局将在每年年初共同研究确定减排资金预算目标管理的具体内容、目标、要求和考核等内容，年底将减排资金预算目标管理责任制的落实情况向国务院报告。环保总局与各地区各项目单位签订预算目标管理责任书。环保总局对落实减排资金预算目标管理责任制负总责。
财政部、环保总局将不定期地开展检查和考核，对项目预算执行情况和项目实施情况进行监督检查。对于违反上述办法及有关要求，弄虚作假、截留、挪用、挤占专项资金的行为，财政部、环保总局将视情况采取通报批评、停止资金安排、取消申报资格等措施予以相应处理；构成犯罪的，移交司法机关依法追究刑事责任。